Трето помощно училище е открито през 1950г. и се оформя като основно специализирано училище за деца с интелектуална недостатъчност.
Началото полага Мариета Миховска в сградата на ул. „Борба”№1 само с една паралелка. През следващите години паралелките нарастват и през 1980г. училището е настанено в преустроената за целта сграда на ул.„Възрожденска”№10, където се намира и в момента.
С заповед № РД 14-279/20.07.2017г. на Министъра на образованието и науката, публикувана в бр.61 от 28.07.2017г. в Държавен вестник, се измени правният статут на Трето помощно училище „Едуард Сеген“ в Център за специална образователна подкрепа „Едуард Сеген“. Извършена е цялостна промяна на стратегията и методиката на педагогическа работа с учениците, като се спазва ЗПУО и Наредбата за приобщаващо образование.